Iniţiatorul Reformei religioase în Germania, a fost Martin Luther (1483- 1546), profesor de teologie la Universitatea din Wittenberg. In octomrie 1517 Luther şi a expus cele 95 de teze privind reformarea bisericii în sensul simplificării practicilor religioase, a diminuării rolului clerului şi a creşterii importanţei Bibliei, în esenţă el propunea o biserică mult mai simplă, mai puţin costisitoare, bazată pe efortul personal al fiecărui credincios de a găsi adevărul prin citirea Cărţii Sfinte.
In Ungaria şi Transilvania ideile Reformei au început să se răspândească rapid mai ales după 1526 când, în urma prăbuşirii statului feudal maghiar, dispăruse principalul susţinător al religiei oficiale. în mediile germane din Transilvania ideile „eretice” ale lui Luther pătrundeau mai ales prin intermediul numeroşilor studenţi saşi care reveneau din Germania. într-o primă etapă au avut loc discuţii religioase aprinse în toate mediile sociale, ideile reformatoare fiind bine primite mai ales de către orăşenii saşi, care au întrevăzut de la bun început avantajele unei biserici naţionale, independentă de Roma.
La Sighişoara, cu prilejul unor lucrări de restaurare efectuate în Biserica Mănăstirii în 1859 s-a găsit o casetă zidită care conţinea documente din 1529. Din acestea reiese faptul că superiorul mănăstirii şi călugării erau îngrijoraţi de răspândirea „ereziei”, întrucât orăşenii trecuseră de partea reformei şi nu mai veneau la slujbele catolice.
în 1538 în timpul lucrărilor Dietei Transilvaniei care se ţineau la Sighişoara, principele Zâpolya a organizat şi prezidat o „dispută religioasă” desfăşurată în biserica de la baza Scării Acoperite din Cetate. Grupul catolicilor era condus de episcopul G. Martinuzzi, iar lutheranii erau reprezentaţi de St. Szântay din Caşovia. „Acum voi lăsa berbecii să se bată între ei, să vedem cine va câştiga ”, ar fi spus principele (Schuller 1998, 125). Episcopul de Oradea (Martinuzzi) a cerut moartea lui Szântay, dar principele a refuzat astfel de măsuri inchizitoriale, păstrând o corectă echidistanţă.
Bazele Bisericii Evanghelice săseşti au fost puse de J. Honterus, care în 1542-1543 a publicat „Cărticica Reformei” („Reformationbuchlein”), iar în 1547 a tipărit „Regulamentul bisericesc al tuturor germanilor din Transilvania” („Kir- chenordnung aller Deutschen in Siebenbiirgen”).
în 1550 Reforma se va proclama drept obligatorie pentru tot teritoriul Universităţii Săseşti, iar în 1572 se va accepta „Confesiunea de la Augsburg” şi va lua naştere „Biserica Evanghelică de Confesiune Augustană din Transilvania” („Evangelische Landeskirche A.B. in Siebenbiirgen”) (Zach 2001, 74-75).
începând din 1574, în Transilvania, peisajul confesional se modifică substanţial. Sunt acum recunoscute oficial patru biserici: biserica catolică şi trei biserici de esenţă reformată recent apărute – biserica lutherană, biserica calvină şi biserica unitariană. Biserica ortodoxă rămânea în continuare neoficială, dar tolerată.
La Sighişoara primii trei preoţi care au trecut de la catolicism la lutheranism au fost J. Bolkasch, G. Pistoris şi Lukas Roth (Rufus), acesta din urmă fiind mai bine cunoscut (Schuller 1998, 126). După 1550 averile mănăstirii dominicane de la Sighişoara vor trece în proprietatea Sfatului, cea mai mare parte din călugări va pleca, iar Biserica Mănăstirii va deveni principala biserică lutherană a oraşului.